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Biologie moléculaire

Objectifs

Le plateau technique d’écologie moléculaire a pour objectif de mutualiser les outils technologiques et les compétences en biologie moléculaire au service des programmes de recherche d’iEES_Paris.
Il regroupe les équipements et les savoir-faire nécessaires à l’activité des équipes de l’unité pour une large gamme d’échantillons environnementaux (eaux, sols, bactéries, liquides biologiques, etc.).

Le plateau offre une diversité d’approches d’extraction d’acides nucléiques par des méthodes automatisées ou manuelles puis de détection et de quantification par PCR et PCR temps réel (qPCR). Ces approches peuvent être complétées par des dosages (Nanodrop) et des techniques séparatives (électrophorèse).
Nous étudions aussi sur des populations naturelles, semi-naturelles, ou en élevage, le polymorphisme génétique des individus et des populations, grâce à l’analyse des microsatellites comme marqueurs génétiques sur séquenceur.

Le plateau technique d’écologie moléculaire assure
La conception des expériences de biologie moléculaire après évaluation du temps et du coût des expériences

L’encadrement et la formation des utilisateurs aux outils en place

La mise en place des protocoles expérimentaux nécessitant des analyses génétiques

La qualité des résultats issus des expériences menées sur le plateau.

Activités et principaux équipements disponibles

Le plateau bénéficie de 40 m2 de laboratoire dédiés aux différentes activités de biologie moléculaire.
Il est situé sur le campus P&M Curie, bâtiment 44-45, au 4e étage (labo 411) et au 5e étage (labo 523).

Les principales activités sont les suivantes :

Purification d’acides nucléiques (ADN et ARN). Principaux équipements :

  • Centrifugeuse Eppendorf réfrigérée 5415-R (rotor 24 microtubes type Eppendorf)
  • Centrifugeuse Eppendorf 5804-R réfrigérée
  • Rotor pour tubes coniques de 15ml et 50ml.

Amplification par PCR pour le génotypage (microsatellites, RFLP, AFLP). Principaux équipements :

PCR quantitative : mesure de l’expression génique, détection de pathogènes, quantification de gènes cibles. Principal équipement :

  • Bio-Rad C1000 Thermal cycler CFX96 Real-Time System

Contrôle qualité d’acides nucléiques, de produits PCR et de librairies génomiques. Principaux équipements :

  • Cuves d’électrophorèse : RunONE electrophoresis cell, EmBitec, générateur APELEX PS304II Minipac
  • Spectrophotomètre type nanodrop NP80 (IMPLEN)
  • Fluorimètre Qubit30 (Life techno).

    avec un

  • Système complet d’imagerie EBOX VX2 avec mise en partage réseau des images.

Autres équipements disponibles

Sorbonne chimique

Hotte PSM de classe II

Congélateurs -20°C et -80°C.

Responsables : Mathieu LEROUX-COYAU et Pierre FEDERICI